副本系统是《永恒之塔》的核心PVE玩法，游戏打造了覆盖新手到高阶的多元副本体系，每个副本都有独特的剧情背景、BOSS机制和奖励设定，兼顾新手适配与高阶挑战，既能让新手快速熟悉战斗机制、积累成长资源，也能让老玩家体验攻坚乐趣、获取稀有道具，是角色成长的核心途径。

新手入门首选初级副本，天族30级“火之神殿”和魔族27级“火之神殿”是新手必刷副本，入口分别位于埃尔特内和莫尔海姆，难度较低，适合新手组队熟悉战斗机制。该副本核心目标是击败BOSS克罗梅内，获取唯一级伸长武器，副本中小怪伤害较低，BOSS主要释放单体攻击和少量群体技能，新手只需搭配简单的“坦克+输出”阵容，就能轻松通关，通关后可获得新手优质装备、经验和基础材料，助力快速升级。

中期过渡副本以“泰奥勃莫斯秘密研究所”“阿德玛城寨”为代表，适合50-60级玩家参与，难度适中，需要简单的团队配合。其中泰奥勃莫斯秘密研究所围绕古代遗迹展开，玩家需要击败沿途小怪，破解机关陷阱，最终挑战BOSS，BOSS会释放范围AOE和控制技能，考验输出的爆发能力和辅助的续航能力；阿德玛城寨则以群体小怪和守关BOSS为主，需要坦克稳定仇恨，输出快速清场，通关后可获得中级装备、强化材料和宠物碎片，为后期成长奠定基础。

高阶副本以“噩梦地下城”“对手怪兽大战”为核心，难度较高，适合65级以上玩家组队攻坚，考验团队配合、操作技巧和装备实力。噩梦地下城是游戏中难度最大的副本，建议配置1名守护星、1-2名治疗职业和2-3名输出职业，副本中小怪会叠加负面状态，BOSS拥有复杂机制，比如梦魇主宰的群体恐惧、幻影之王的镜像模仿、深渊恶魔的狂暴技能，需要各职业各司其职，坦克拉稳仇恨，治疗维持血线，输出快速清理小怪和BOSS，通关后可获得高阶装备、稀有材料和顶级宠物。

此外，游戏还有“德拉乌伯尼尔洞穴”等经典副本和65级“泰巴”双人探索区域，泰巴区域支持双人组队探索，随机触发隐藏岛屿和彩蛋任务，每日18:00至23:00会刷新稀有命名怪物，引发全图讨伐热潮，区域专属货币“阿尔卡尼姆”可兑换珍稀道具，但死亡会损失货币且每周三清空，高收益与高风险并存，为玩家带来更多冒险乐趣。